全民奇迹中，宝石升级主要通过荧光宝石系统完成，核心规则是选中目标荧石，再放入至少两颗符合条件的辅助宝石，连同主宝石合计不少于三颗，确认后即可合成更高等级荧石。荧石系统通常需要角色达到6转并完成对应开启任务，进入主界面的“荧石”或“宝石”入口后，查看装备部位上带黄色叹号的宝石，就能确认当前是否满足升级条件。升级后的宝石会继续保留在原装备部位，直接提升该部位的元素属性或附加属性。
具体操作顺序是先打开荧石界面，再点选已经镶嵌的目标宝石，点击“升级”，随后按照系统提示放入辅助材料，最后确认消耗。辅助宝石不一定必须与主宝石完全相同，但必须满足当前升级界面列出的类型、等级或数量要求，通常以同类宝石和不高于主宝石等级的材料最容易满足条件；高等级荧石往往会消耗多颗不同等级的低阶宝石，因此不能只准备两颗同级材料。系统显示材料不足时不要强行操作，先补齐符合条件的宝石，再进行升级，避免误用其他部位需要的关键材料。
材料积累应优先刷元素试炼，再把获得的荧光粉末用于宝石挖掘，这是普通玩家最稳定的升级循环。新开启荧石系统时，先完成日常元素试炼和可领取的系统奖励，利用低阶宝石填充主要装备部位；当粉末不足时，不要把钻石全部投入挖掘，优先保证主武器、主要输出部位或核心防御部位的升级。宝石挖掘界面提供单次或批量操作时，可根据库存和目标等级选择，低阶宝石主要用于铺垫和合成，高阶宝石则应留给长期使用的装备。
不同阶段的升级优先级应有所区别，新手阶段先让主要装备部位拥有可用荧石，再集中提升一两颗核心宝石，避免所有部位平均投入导致没有明显战力增长；中期可优先升级武器、攻击型部位或职业最常用的属性宝石，刷怪和副本效率会更容易提升；后期则应根据角色定位保留攻击、抗性和命中等不同类型材料，不能为了短期等级把所有低阶宝石一次性消耗。升级前还要确认宝石形状与插槽匹配，三角、圆形、方形孔位只能镶嵌对应形状的宝石，升级不会改变宝石的插槽限制。
最容易出现的错误是把荧光宝石升级和装备强化混为一谈，荧石升级不使用祝福宝石、灵魂宝石等装备强化材料，也不能通过单纯点击强化装备来完成；另一个误区是看到低等级宝石就全部分解，实际上高等级升级可能需要多级低阶材料，至少应保留能够满足下一次升级条件的库存。建议每次操作前先查看目标宝石的材料栏，确认主宝石、辅助宝石、等级条件和消耗数量，再点击升级；资源有限时，优先培养长期使用装备上的核心荧石，过渡装备只进行低成本升级。
