口袋妖怪火红包含初代151只关都图鉴精灵，额外解锁七岛区域后可捕获部分二代精灵，同时拥有多款专属限定精灵，整体精灵获取渠道分为初始赠送、野外捕捉、道具进化、定点剧情、隐藏洞窟、岛屿区域六大类，不同阶段能收集到适配推图、对战、收集图鉴的各类精灵，无需跨版本交换即可集齐大部分核心作战精灵，仅少量稀有神兽需要解锁全部主线徽章与秘传机才能前往捕捉。
开局阶段可在大木博士研究所三选一获取初始御三家，分别是妙蛙种子、小火龙、杰尼龟，三者各自拥有完整进化链，16级完成一阶进化、36级达成最终形态，喷火龙火飞行双属性打击面全面，水箭龟可掌握冲浪兼顾赶路与输出，妙蛙花依靠草毒系异常技能轻松应对前期道馆。常磐森林、24、25号道路能遇到绿毛虫、独角虫，进化后的巴大蝴、大针蜂是前期过渡优质虫系，地鼠洞常驻地鼠与三地鼠，高速地面属性可快速处理岩石、电系对手。火红专属野外精灵包含阿柏蛇、走路草、卡蒂狗、可达鸭，阿柏蛇分布在4、8、9号道路，卡蒂狗集中在7号道路与红莲岛宝可梦大宅，使用火之石可进化风速狗，可达鸭依靠冲浪在全地图水域出现，33级进化哥达鸭，水系输出能力稳定，大钓竿可在各处水域捕捉大舌贝，水之石进化刺甲贝，冰水双属性补足队伍抗性缺口。
中期解锁冲浪、怪力等秘传机后，可前往多处定点区域捕捉高战力精灵，无人发电厂内部能捕获闪电鸟，双子岛深处可找到急冻鸟，冠军之路终点固定刷新火焰鸟，三只传说鸟类分别对应电、冰、火属性，是通关四天王的核心战力。12、16号道路存在两只卡比兽，使用宝可梦笛子唤醒后可捕捉，超高血量搭配均衡攻防，站场续航能力极强。紫苑镇、狩猎区藏有大量特色精灵，狩猎区水域用好钓竿能钓到迷你龙，进化后哈克龙、快龙拥有龙系高额输出，狩猎区草地还能抓到飞天螳螂，格斗虫属性克制岩石、草系敌人。华蓝洞窟需要集齐八枚徽章才可进入，洞窟底层定点刷新超梦，全图鉴种族值天花板，特攻与速度数值顶尖，搭配各类技能机器能应对全部属性克制，洞窟水域还能偶遇哥达鸭、玛瑙水母等水系精灵，补充队伍水系战力。
通关主线解锁七岛后，会解锁更多二代精灵与隐藏稀有精灵，一岛草地分布喵喵、猫老大，五岛水域能钓到刺龙王，七岛峡谷可遇到钢鸟，冰瀑洞窟内存在信使鸟、黑暗鸦，四号岛屿化石复原实验室能复原化石翼龙，岩石飞行属性覆盖多类对战弱点。部分精灵无法野外直接捕获，只能依靠进化道具、等级进化获取，喵喵28级进化猫老大，猴怪28级进化火爆猴，走路草分别使用草之石、太阳之石可进化臭臭花、美丽花，各类进化石可在玉虹市百货大楼、岛屿商店购买，也能在野外隐藏点位拾取。对战馆主、四天王时搭配胡地、怪力、乘龙会大幅降低难度，胡地由凯西16级进化勇吉拉，通讯交换后进化成型，超高速超高特攻可快速秒杀格斗、毒系对手，玉虹市游戏厅兑换的凯西获取门槛极低，乘龙则是剧情赠送精灵，水冰双属性完美克制龙系四天王，怪力依靠格斗招式碾压岩石、普通系敌人，整套队伍无属性短板，适配全流程推图玩法。
收集图鉴时需要区分版本限定精灵，火红无法捕获绿宝石专属的呆呆兽、海星星，想要补齐图鉴只能通过跨版本交换，常规游玩无需交换即可集齐全部主线作战精灵，捕捉精灵时搭配不同钓竿、冲浪遭遇、草丛步行三种方式，普通钓竿只能遇到鲤鱼王、玛瑙水母，好钓竿可捕获迷你龙、大舌贝，超级钓竿能刷出可达鸭、刺龙王等高阶水系。
