少年三国志零赤壁之战的核心玩法是组建两套完全不重复的武将队伍，每关连续打赢两场战斗完成推进，依靠兵种克制、地图机关和军师技能配合拿满灵草、元宝等奖励，武将储备、阵容拆分和战前观察地图是通关的三大关键点。该玩法解锁之后，会开放多个船队，每支船队包含五关，只有一关两场战斗全部取胜，才能够解锁下一关，两场战斗当中上阵的武将、军师全部不能复用，因此不能依靠一套强势阵容一路平推，需要提前准备充足的不同武将资源，助战武将不受两场战斗的复用限制，可以灵活用来补齐输出或者防御短板。
两套阵容搭建需要做到攻防均衡，第一套队伍偏向稳定续航与持续输出，前排优先选择兀突骨、董卓这类具备反伤和重伤效果的盾兵承担伤害，中路安排赵云、刘备步兵稳住阵线，后排搭配貂蝉复制伤害、张郃打远程输出，军师选用李儒强化切后能力，这套阵容适合应对敌方多步兵、多盾兵的组合。第二套队伍主打爆发突袭，更换全新军师，前排用黄盖、孟获承接伤害，输出端上吕布重骑搭配孙尚香、甘宁双弓手，边路部署曹冲、公孙瓒轻骑，专门突击敌方后排弓手与谋士，面对重骑敌人时，依靠盾兵牵制，后排弓手快速完成收割，缺少核心武将时，可以选择定位相近武将进行替换，不用强行复刻固定武将清单。
地图机关与站位细节很容易被忽略，却直接决定关卡能不能通关，战场上存在火焰区域、地刺、船舱、巨弩、治疗帐篷多种特殊机制，火焰格子无法布置单位，地刺会持续损耗武将血量，布阵阶段就要避开危险格子；船舱可以让己方部队快速绕到敌方身后，巨弩会持续造成远程伤害，治疗帐篷会为敌方部队恢复血量，遇到帐篷要优先安排轻骑快速处理，降低敌方续航能力。站位通用思路为盾兵布置在中路前排，步兵紧随其后，弓手、谋士放置后排安全点位，轻骑放在左右两翼边路；敌方轻骑数量较多时，每一路都布置前排武将，防止输出位被快速突脸；敌方盾兵扎堆，就要带上破甲属性武将，加快前排的击破速度。
军师技能释放时机和关卡的战前观察，是提升通关成功率的重要手段，进入战斗前先查看两场战斗的敌方兵种构成，第一场打完之后，结合第一场敌军特点调整第二场的排布，预判第二场会出现的兵种威胁，针对性分配盾兵、骑兵与弓手。军师技能尽量丢在敌方单位聚集的位置，张宝可以利用雷击、火击打出群体灼烧和眩晕，李儒侧重强化突进，周瑜适合打大范围输出压制，水镜先生用来补足队伍整体伤害，不要随意空放军师计谋，浪费关键的控制与输出窗口。随着船队往后推进，敌方整体战力上涨，不要盲目硬闯，优先培养多套可用武将，不要将全部资源集中在少数几名主力身上，保证两套队伍都拥有基础坦度与输出，遇到卡关可以调整助战武将，更换站位规避地刺巨弩，反复尝试找到克制对手的搭配。
